CIRCOLARE MONOGRAFICA
Decadenza, parere tecnico del MISE e sanzioni nella sentenza n. 1089/2025 della Corte di giustizia tributaria di secondo grado delle Marche
DI MASSIMILIANO TASINI | 13 GENNAIO 2026
La Corte di giustizia tributaria di secondo grado delle Marche, sez. 2, Pres. Rel. Fantini, ha depositato in data 25 novembre 2025 la sentenza n. 1089, con la quale ha risolto, in senso favorevole al contribuente, una interessante controversia, relativa ad un progetto di ricerca e sviluppo attuato da una società ma ritenuto non agevolabile dall’Agenzia delle Entrate.
La rilevanza delle questioni trattate e l’assai articolata motivazione suggeriscono una riflessione sul punto.
Svolgimento del processo
Una società di capitali impugnava la sentenza resa da una Corte di giustizia tributaria di 1° grado che aveva ritenuto legittimo l’atto di recupero del credito d’imposta maturato nel 2015 e utilizzato nel 2016 nell’ambito della normativa che promuoveva l’attività di investimento in ricerca e sviluppo ex art. 3 del D.L. n. 145/2013.
In particolare, l’Agenzia delle Entrate, a seguito di controllo documentale, aveva ritenuto insussistenti i requisiti per l’accesso al beneficio fiscale, con particolare riferimento al requisito della novità del progetto.
Il contribuente proponeva allora appello, lamentando:
- plurimo difetto di motivazione della sentenza di primo grado, con particolare riguardo, sia alla circostanza che il MISE, nel provvedimento di rigetto della domanda di brevetto, aveva espressamente riconosciuto il requisito della novità, pur negando quella dell’attività inventiva, sia con riferimento al rigetto della richiesta di una CTU;
- plurima violazione e/o falsa applicazione di legge relativamente alla qualificazione del credito come “inesistente” anziché “non spettante”; distinzione che assume rilievo fondamentale sia sotto il profilo dei termini decadenziali (otto anni per i crediti inesistenti ex art. 27, comma 16, D.L. n. 185/2008, contro quattro anni per i crediti non spettanti ex art. 43 D.P.R. n. 600/1973), sia sotto il profilo sanzionatorio (sanzione dal 100% al 200% per i crediti inesistenti ex art. 13, comma 5, D.Lgs. n. 471/1997, contro il 30% per i crediti non spettanti;
- erronea qualificazione nel merito della fattispecie in quanto il software frutto della attività di ricerca e sviluppo rappresenterebbe un’effettiva innovazione nel settore della progettazione di arredamenti su misura, come dimostrato dalla stessa domanda di brevetto presentata nell’aprile 2020, rispetto alla quale il MISE, come accennato, aveva riconosciuto la sussistenza del requisito della novità;
- richiesta di disapplicazione delle sanzioni tributarie per obiettiva incertezza normativa; in via ulteriormente subordinata, veniva richiesta la riduzione delle sanzioni alla metà del minimo ex art. 7, comma 4, D.Lgs. n. 472/1997, per manifesta sproporzione.
L’Agenzia delle Entrate, si costituiva in giudizio, evidenziando:
- la correttezza della qualificazione del credito come “inesistente” per carenza totale del presupposto costitutivo, rilevando che le attività svolte dalla società non rientrerebbero nelle tipologie agevolabili in quanto consisterebbero in mere modifiche ordinarie o periodiche a prodotti, linee di produzione o processi esistenti, espressamente escluse dall’art. 3, comma 5, del D.L. n. 145/2013;
- quanto al parere del MISE, che la sua acquisizione costituisce una mera facoltà e non un obbligo, rilevando che nella fattispecie l’assenza dei requisiti sarebbe stata talmente evidente da rendere superflua la richiesta di parere tecnico;
- sul piano sanzionatorio, l’inapplicabilità delle cause di disapplicazione, non ricorrendo nella fattispecie né le condizioni di obiettiva incertezza normativa, né quelle di manifesta sproporzione della sanzione.
Motivi della decisione
La Corte accoglie integralmente l’appello sulla scorta di più convergenti motivi.
Preliminarmente, affronta la questione della decadenza dal potere di accertamento, rilevando che la recente evoluzione giurisprudenziale ha definitivamente chiarito i criteri distintivi tra le due categorie.
In particolare, vengono richiamate le sentenze nn. 34443, 34444 e 34445 del 16 novembre 2021, con le quali la Corte di Cassazione ha affermato il seguente principio di diritto: “in tema di compensazione di crediti o eccedenze d’imposta da parte del contribuente, all’azione di accertamento dell’erario si applica il più lungo termine di otto anni, di cui all’art. 27, comma 16, D.L. n. 185/2008, quando il credito utilizzato è inesistente, condizione che si realizza – alla luce anche dell’art. 13, comma 5 D.lgs. n. 471 del 1997, come modificato dal D.Lgs. n. 158 del 2015– allorché ricorrano congiuntamente i seguenti requisiti: a) il credito, in tutto o in parte, è il risultato di una artificiosa rappresentazione ovvero è carente dei presupposti costitutivi previsti dalla Legge ovvero, pur sorto, è già estinto al momento del suo utilizzo; b) l’inesistenza non è riscontrabile mediante i controlli di cui agli artt. 36-bis e 36-ter D.P.R. n. 600 del 1973 e all’art. 54-bis D.P.R. n. 633 del 1972 ; ove sussista il primo requisito ma l’inesistenza sia riscontrabile in sede di controllo formale o automatizzato, la compensazione indebita riguarda crediti non spettanti e si applicano i termini ordinari per l’attività di accertamento”.
La Corte osserva che tale orientamento è stato poi confermato dalla Cassazione a Sezioni Unite con la sentenza n. 34419 dell’11 dicembre 2023, che ha ribadito l’esistenza di una differenza sostanziale tra crediti inesistenti e crediti non spettanti, cui conseguono diversi termini per l’attività di accertamento e profondamente diversi livelli di sanzioni.
Anche sulla scorta della memoria difensiva prodotta dall’appellante, la Corte richiama poi un importante sviluppo normativo, precisamente l’atto di indirizzo del MEF del 1° luglio 2025, che ha chiarito che i crediti R&S privi di “novità assoluta” non sono inesistenti, ma al più non spettanti. Tale orientamento trova conferma nel D.Lgs. n. 87/2024, che ha definito una netta cesura concettuale tra crediti d’imposta inesistenti e crediti non spettanti.
Venendo al caso di specie, la Corte osserva che la contestazione dell’Ufficio attiene proprio alla (ritenuta) carenza del requisito della novità del progetto. Si tratta dunque di una valutazione che attiene alla sussistenza dei requisiti sostanziali di spettanza dell’agevolazione, non riscontrabile mediante controlli automatizzati o formali, e che richiede una complessa attività istruttoria di carattere tecnico.
Alla luce di tali considerazioni, il Collegio ha ritenuto che nella fattispecie si verta in ipotesi di credito non spettante e non di credito inesistente, con la conseguenza che il termine di decadenza applicabile è quello quadriennale ex art. 43 D.P.R. n. 600/1973 e non quello ottennale ex art. 27, comma 16, D.L. n. 185/2008.
Un passaggio fondamentale della sentenza è quello relativo al calcolo di detto termine. Parte contribuente aveva infatti rappresentato che il credito è stato generato nel 2015, il cui modello Unico è stato presentato nel 2016, mentre l’atto di recupero è stato notificato il 30 agosto 2021, dal che consegue che il termine quadriennale decadenziale, scade il 31 dicembre 2020, e dunque nel caso di specie risulta ampiamente decorso.
La Corte peraltro sviluppa ulteriori argomentazioni.
Mancata acquisizione del parere tecnico
La Corte esamina, in particolare, anche la censura relativa alla mancata acquisizione del parere tecnico del MISE, atteso il rilievo che tale questione ha assunto nel recente dibattito giurisprudenziale.
L’art. 8, comma 2, del D.M. 27 maggio 2015 stabilisce che:
Qualora, nell’ambito delle attività di verifica e di controllo effettuate dall’Agenzia delle Entrate, si rendano necessarie valutazioni di carattere tecnico in ordine all’ammissibilità di specifiche attività ovvero alla pertinenza e congruità dei costi sostenuti, la predetta Agenzia può richiedere al Ministero dello sviluppo economico di esprimere il proprio parere.
La Corte rileva al riguardo che la formulazione letterale della norma, che utilizza il verbo “può”, sembrerebbe attribuire carattere facoltativo alla richiesta di parere. Tuttavia, un orientamento giurisprudenziale sempre più consolidato ha affermato che, in presenza di questioni tecniche che esulano dalle competenze dell’Amministrazione finanziaria, l’acquisizione del parere del MISE diviene necessaria a pena di illegittimitàdell’atto di recupero.
Nel caso di specie, l’Ufficio ha ritenuto che: “l’assenza dei requisiti previsti dalla legge fosse talmente evidente da rendere superflua la richiesta di parere tecnico al MISE”.
Tuttavia, i Giudici stigmatizzano che tale valutazione appare contraddetta dalla circostanza che lo stesso MISE, interpellato in sede di domanda di brevetto per il software, ha espressamente riconosciuto la sussistenza del requisito della novità, pur negando quello dell’attività inventiva ai fini brevettuali. Tale circostanza dimostra inequivocabilmente che la valutazione del requisito della novità non era affatto “talmente evidente” come sostenuto dall’Ufficio, ma richiedeva una specifica competenza tecnica di cui l’Amministrazione finanziaria non disponeva.
Sul punto, prosegue la Corte, occorre tenere presente che i requisiti per la brevettabilità di un’invenzione (novità, attività inventiva, applicabilità industriale) sono diversi e più stringenti rispetto ai requisiti per l’accesso al credito d’imposta R&S (novità relativa, superamento di incertezze scientifiche o tecnologiche). Il riconoscimento della novità da parte del MISE, pur in un contesto diverso, rappresenta quindi un elemento significativo che avrebbe dovuto indurre l’Amministrazione finanziaria ad acquisire un parere tecnico specifico prima di disconoscere il credito d’imposta.
Profili sanzionatori
Infine, la Corte affronta il tema dei profili sanzionatori.
Per un verso, rileva che la qualificazione del credito come non spettante, anziché inesistente, comporta l’applicazione della sanzione del 30% ex art. 13, comma 4, del D.Lgs. n. 471/1997, in luogo della sanzione dal 100% al 200% prevista per i crediti inesistenti dal comma 5 della medesima disposizione.
Per altro verso, la Corte ritiene che nel caso di specie ricorrano anche le condizioni per la disapplicazione delle sanzioni per obiettiva incertezza normativa. Come evidenziato dalla giurisprudenza, la materia del credito d’imposta R&S è infatti caratterizzata da significativa complessità e incertezza interpretativa, come dimostrato dalla pluralità delle fonti normative di riferimento (D.L. n. 145/2013, D.M. 27 maggio 2015, Comunicazione della Commissione europea n. 2014/C/198/01, Manuale di Frascati dell’OCSE) e dalla difficoltà di individuare con precisione i confini delle attività agevolabili.
Tale situazione di oggettiva incertezza è stata riconosciuta anche dall’Amministrazione finanziaria, come testimoniato dalla risposta all’interrogazione parlamentare del 15 giugno 2021 richiamata dall’appellante. Più di recente, l’atto di indirizzo del MEF del luglio 2025 ha fornito chiarimenti specificamente volti a ridurre l’incertezza interpretativa in materia.
In tale contesto, appare pienamente giustificata la disapplicazione delle sanzioni ai sensi dell’art. 10, comma 3, della Legge n. 212/2000 (Statuto dei diritti del contribuente), che prevede la non applicazione delle sanzioni.
Quando la violazione dipende da obiettive condizioni di incertezza sulla portata e sull’ambito di applicazione delle disposizioni alle quali si riferisce.
Alcune considerazioni
La sentenza, assai pregevole per la chiarezza e sinteticità espositiva e per le affermazioni contenute, si inserisce nel contesto di un contenzioso ricco di “colpi di scena”, come la sentenza con la quale il TAR del Lazio ha sospeso l’efficacia del Manuale di Frascati o il citato atto di indirizzo del MEF dello scorso 1° luglio 2025.
A proposito dell’atto di indirizzo, a quanto consta non pare che tutte le Direzioni Provinciali dell’Agenzia delle Entrate abbiano recepito le indicazioni ivi contenute, con il rischio che le finalità dello stesso possano essere vanificate.
Mentre pian piano si consolidano alcuni principi in materia di crediti di imposta per attività di ricerca e sviluppo, prende progressivamente terreno il contenzioso sui crediti formazione 4.0, rispetto ai quali regnano altrettante incertezze: è auspicabile che le parti in causa, ivi inclusi i difensori, cerchino in ogni modo di trovare soluzioni deflative del contenzioso, per consentire alle aziende di “girare la pagina” rispetto a queste materie.
Riferimenti normativi:
- Legge 27 luglio 2000, n. 212, art. 10;
- D.Lgs. 14 giugno 2024, n. 87;
- Ministero dell’Economia e delle Finanze, D.M. 27 maggio 2015, art. 8;
- Ministero dell’Economia e delle Finanze, atto di indirizzo 1° luglio 2025.
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