CIRCOLARE MONOGRAFICA
L’Agenzia oltre a prendere in considerazione l’IVA risultante dalle fatture emesse e dai corrispettivi, riconosce anche il credito derivante dalle fatture di acquisto presenti nei propri sistemi
DI STEFANO SETTI | 3 SETTEMBRE 2026
Con il Provvedimento dell’Agenzia delle Entrate 28 agosto 2026, n. 239129 sono state definite le modalità operative della nuova liquidazione automatizzata prevista dall’art. 54-bis.1 del D.P.R. n. 633/1972, introdotto dalla Legge n. 199/2025. In caso di omessa presentazione della dichiarazione IVA, l’Amministrazione finanziaria può ricostruire l’imposta dovuta utilizzando i dati della fatturazione elettronica, dei corrispettivi telematici, delle LIPE e dei versamenti effettuati. La novità più significativa riguarda il riconoscimento, in sede di liquidazione, dell’IVA a credito risultante dalle fatture elettroniche ricevute e dalle comunicazioni periodiche, mentre resta escluso dal calcolo automatico il credito proveniente dall’anno precedente. La procedura è accompagnata da una specifica disciplina sanzionatoria: pagamento entro 60 giorni, sanzione ridotta dal 120% al 40%, interessi al 3,5%, nessuna rateazione e nessuna compensazione.
Premessa
La nuova procedura prevista per le dichiarazioni IVA omesse segna un ulteriore passo verso un utilizzo sistematico delle informazioni già presenti nelle banche dati dell’Amministrazione finanziaria.
Con il Provvedimento direttoriale n. 239129 del 28 agosto 2026, l’Agenzia delle Entrate ha dato attuazione all’art. 54-bis.1 del D.P.R. n. 633/1972, introdotto dalla Legge n. 199/2025, disciplinando le modalità con cui viene determinata l’IVA dovuta quando il contribuente non ha presentato la dichiarazione annuale.
L’elemento centrale del nuovo meccanismo è rappresentato dal fatto che l’assenza della dichiarazione non impedisce all’Amministrazione di disporre di una quantità significativa di informazioni già trasmesse nel corso dell’anno. La ricostruzione parte, infatti, dai dati delle fatture elettroniche emesse e ricevute, dai corrispettivi telematici, dalle comunicazioni delle liquidazioni periodiche IVA-LIPE e dai versamentieffettuati dal soggetto passivo.
Il procedimento consente, quindi, di trasformare il patrimonio informativo disponibile nel portale “Fatture e corrispettivi” in una vera e propria base per la liquidazione dell’imposta.
Dalla dichiarazione mancante alla ricostruzione automatica
In passato, l’omessa dichiarazione annuale rendeva necessario un intervento successivo dell’Amministrazione per ricostruire la posizione IVA del contribuente.
Con il nuovo art. 54-bis.1 del D.P.R. n. 633/1972 il sistema cambia: la mancata presentazione del modello non impedisce più una liquidazione basata sulle risultanze già conosciute dall’Agenzia.
La procedura si fonda, quindi, su un principio semplice: se le operazioni attive e passive risultano già tracciate attraverso il Sistema di Interscambio, i corrispettivi sono stati trasmessi telematicamente e le LIPE sono state presentate, l’Agenzia dispone già di elementi sufficienti per stimare l’IVA dovuta.
Questo non significa, tuttavia, che la liquidazione automatizzata coincida con un accertamento sostanziale completo.
La prima fase ha natura essenzialmente ricostruttiva e documentale; eventuali verifiche sulla spettanza della detrazione o sulla correttezza delle operazioni potranno essere effettuate successivamente.
L’IVA a credito entra nel calcolo
Uno degli aspetti più rilevanti del Provvedimento riguarda il trattamento dell’IVA a credito.
Il punto 4.2 prevede che dall’imposta a debito vengano sottratti:
- l’IVA a credito risultante dalle fatture elettroniche ricevute;
- l’IVA a credito emergente dalle LIPE presentate;
- i versamenti IVA riferiti al periodo d’imposta.
La novità è particolarmente importante perché la liquidazione non considera soltanto le risultanze attive, ma anche quelle passive.
In altri termini, l’Agenzia non si limita a prendere in considerazione l’IVA risultante dalle fatture emesse e dai corrispettivi, ma riconosce anche il credito derivante dalle fatture di acquisto presenti nei propri sistemi.
La circostanza che l’IVA a credito venga considerata nella liquidazione automatica non equivale a un riconoscimento definitivo della detrazione. Restano, infatti, possibili controlli successivi sulla reale spettanza del diritto, ad esempio con riferimento all’inerenza, alle limitazioni oggettive alla detrazione o alla natura dell’operazione. Questo punto era stato evidenziato anche da Assonime nella circolare n. 8 del 24 marzo 2026, che aveva richiamato l’attenzione sul rapporto tra detrazione e corretta registrazione delle fatture passive.
Il tema della registrazione delle fatture passive
La formulazione del Provvedimento sembra attribuire rilievo, nella fase automatizzata, al dato risultante dalla fattura elettronica ricevuta, senza subordinare espressamente il riconoscimento dell’IVA a credito alla verifica preventiva della relativa registrazione contabile.
Si tratta di un passaggio delicato.
Sul piano generale, la disciplina della detrazione IVA continua a richiedere il rispetto delle condizioni sostanziali e formali previste dal D.P.R. n. 633/1972. Tuttavia, nella specifica procedura di liquidazione della dichiarazione omessa, il Provvedimento sembra utilizzare il dato della fattura elettronica come elemento sufficiente per il calcolo iniziale.
L’effetto pratico è che l’IVA a credito può concorrere alla riduzione dell’imposta liquidata anche prima di un’eventuale verifica più approfondita sulla corretta contabilizzazione.
La liquidazione ex art. 54-bis.1 non “sana” eventuali irregolarità contabili e non impedisce all’Ufficio di effettuare controlli successivi. La procedura automatica quantifica l’imposta sulla base dei dati disponibili; la spettanza definitiva del credito rimane soggetta alle ordinarie verifiche.
Il credito dell’anno precedente non viene automaticamente utilizzato
Diverso è il trattamento dell’eventuale credito IVA proveniente dall’anno precedente.
Il Provvedimento non prevede che tale credito, anche se esposto in una dichiarazione regolarmente presentata, venga automaticamente sottrattodall’imposta risultante dalla liquidazione della dichiarazione omessa.
La questione assume particolare rilievo perché la Relazione illustrativa alla Legge di Bilancio 2026 aveva ipotizzato la possibilità di riconoscere il credito pregresso in sede di interlocuzione con il contribuente.
Il Provvedimento del 28 agosto 2026, però, non disciplina espressamente tale passaggio.
Ne deriva una distinzione importante:
- il credito risultante dalle fatture elettroniche ricevute e dalle LIPE entra nel calcolo automatico;
- il credito proveniente dall’anno precedente non viene riconosciuto nella prima fase e deve eventualmente essere fatto valere in sede di contraddittorio.
| Esempio pratico Si ipotizzi che una società non abbia presentato la dichiarazione IVA relativa al 2025. Dai dati a disposizione dell’Agenzia emergono: IVA a debito da fatture elettroniche emesse e corrispettivi: 120.000 euro; IVA a credito da fatture elettroniche ricevute: 70.000 euro; versamenti IVA già eseguiti: 35.000 euro; credito riportato dalla dichiarazione IVA 2024: 10.000 euro. La liquidazione automatizzata potrà essere ricostruita nel modo seguente: IVA a debito: 120.000 meno IVA a credito da fatture ricevute: 70.000 meno versamenti effettuati: 35.000 IVA residua da liquidare: 15.000 euro Il credito di 10.000 euro proveniente dall’anno precedente, invece, non risulta automaticamente scomputato nella prima comunicazione. Il contribuente potrà farlo valere nell’interlocuzione con l’Ufficio, producendo la dichiarazione precedente e la documentazione necessaria a dimostrarne la spettanza. |
La comunicazione degli esiti
Una volta effettuata la liquidazione, l’Agenzia comunica al contribuente gli importi dovuti.
La comunicazione viene inviata tramite PEC all’indirizzo risultante dai pubblici registri o al domicilio digitale eletto ai sensi dell’art. 60-ter del D.P.R. n. 600/1973.
In caso di mancato recapito telematico, viene utilizzata la raccomandata con ricevuta di ritorno.
L’esito viene in ogni caso reso disponibile anche nel cassetto fiscale.
Da questo momento decorrono i termini per il pagamento o per la presentazione di chiarimenti.
Effetti sulle sanzioni
La ricezione della comunicazione assume particolare rilievo sotto il profilo sanzionatorio.
L’art. 5, comma 1-bis, del D.Lgs. n. 471/1997 prevede una sanzione ridotta al 75% quando la dichiarazione omessa viene presentata entro i termini per l’accertamento e prima dell’inizio di controlli fiscali.
La comunicazione derivante dalla liquidazione automatizzata, tuttavia, impedisce di beneficiare di tale regime.
Se il contribuente paga quanto richiesto entro 60 giorni dal ricevimento della comunicazione, la sanzione ordinaria del 120% viene ridotta a un terzo.
La misura effettiva diventa pertanto pari al 40%.
Se l’imposta residua richiesta fosse pari a 15.000 euro, la sanzione ordinaria del 120% sarebbe pari a:
15.000 × 120% = 18.000 euro
In caso di pagamento entro 60 giorni, la sanzione viene ridotta a:
18.000 ÷ 3 = 6.000 euro
ossia al 40% dell’imposta dovuta.
A tale importo si aggiungono gli interessi previsti dalla procedura.
Chiarimenti e seconda comunicazione
Il contribuente può presentare osservazioni e documentazione a seguito della prima comunicazione.
L’art. 54-bis.1, comma 2, del D.P.R. n. 633/1972 stabilisce che, qualora l’Agenzia accolga in tutto o in parte i chiarimenti forniti e invii una seconda comunicazione, il termine di 60 giorni per il pagamento decorre nuovamente.
La riapertura del termine non opera però automaticamente per il solo fatto di aver presentato osservazioni: è necessario che i rilievi originari vengano almeno parzialmente modificati.
Interessi ridotti al 3,5%
In caso di definizione della comunicazione, gli interessi sono applicati nella misura del 3,5% annuo, inferiore rispetto al 4% che sarebbe altrimenti applicabile.
La disciplina combina quindi:
- riduzione della sanzione;
- interesse più contenuto;
- termine di 60 giorni per la definizione.
A fronte di tali benefici, però, il sistema prevede modalità di pagamento particolarmente rigide.
Nessuna rateazione
Il Provvedimento conferma che il pagamento deve avvenire in un’unica soluzione.
Non trova applicazione la rateazione prevista dall’art. 3-bis del D.Lgs. n. 462/1997 per gli ordinari avvisi bonari.
Questo rappresenta uno degli aspetti più critici della nuova procedura, soprattutto quando gli importi richiesti risultano elevati.
Nessuna compensazione
È inoltre esclusa la possibilità di utilizzare la compensazione prevista dall’art. 17 del D.Lgs. n. 241/1997.
Il contribuente non può quindi estinguere il debito utilizzando crediti tributari disponibili in compensazione orizzontale.
La rigidità prosegue anche nell’eventuale fase di riscossione.
Se le somme vengono iscritte a ruolo, la sanzione torna alla misura piena del 120% e non è ammessa neppure la compensazione con i ruoli prevista dall’art. 31 del D.L. n. 78/2010.
Competenza dell’ufficio
Per l’assistenza relativa alla comunicazione è competente la Direzione provinciale individuata con riferimento al periodo d’imposta nel quale la dichiarazione avrebbe dovuto essere presentata.
Il criterio resta quindi quello del domicilio fiscale del contribuente relativo all’annualità oggetto della liquidazione.
Per i contribuenti di grandi dimensioni rimane ferma la competenza delle Direzioni regionali.
Un sistema più automatizzato ma non definitivo
La nuova disciplina segna un cambiamento importante nel rapporto tra omissione dichiarativa e informazioni già disponibili all’Amministrazione finanziaria.
La dichiarazione mancante non blocca più la liquidazione dell’imposta, perché l’Agenzia può utilizzare direttamente dati che il contribuente ha già prodotto attraverso altri adempimenti.
L’aspetto più innovativo è il riconoscimento dell’IVA a credito derivante dalle fatture elettroniche ricevute e dalle LIPE, che rende la ricostruzione più aderente alla reale posizione IVA del soggetto passivo.
Restano, tuttavia, due profili delicati:
- il primo riguarda il credito dell’anno precedente, che non entra automaticamente nel calcolo e deve essere eventualmente fatto valere in sede di interlocuzione;
- il secondo riguarda la natura provvisoria della liquidazione automatica: l’IVA a credito utilizzata nel calcolo può essere successivamente oggetto di verifica sostanziale.
La nuova procedura rappresenta quindi uno strumento di forte semplificazione per l’Amministrazione, ma richiede al contribuente una gestione tempestiva della comunicazione ricevuta, soprattutto alla luce del termine di 60 giorni, della riduzione della sanzione al 40% e dell’impossibilità di utilizzare rateazione o compensazione.
Riferimenti normativi:
- Legge 30 dicembre 2025, n. 199;
- D.P.R. 26 ottobre 1972, n. 633, art. 54-bis.1;
- Agenzia delle Entrate, Provvedimento 28 agosto 2026, n. 239129.
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